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La villa-fattoria di Stabbia, d'impronta tardo-rinascimentale più volte rimaneggiata, si eleva sul margine della "gronda" orientale del padule di Fucecchio. Sia per la semplicità dell'impianto architettonico sia per la particolare articolazione della facciata essa costituisce il diretto antecedente della villa di Cerreto Guidi.
Il consolidarsi degli interessi medicei per le "aree umide" del dominio che offrivano, oltre alla realizzazione d'investimenti agricoli non trascurabili, possibilità di sfruttamento delle risorse ittiche e attrattive ludiche di caccia e pesca, s'intrecciavano con i progetti di bonifica della pianura e di consolidamento strategico della frontiera lucchese passante ormai attraverso le colline delle Cerbaie. Le opere realizzate nel bacino lacustre incisero sul territorio potenziando soprattutto la pesca il cui sviluppo richiamò un consistente flusso migratorio anche da terre lontane. Il palazzo di Stabbia di proprietà Medici, edificato sulla preesistente "casotta con torre, parte per il lavoratore e parte per il signore" di proprietà Soderini successivamente al 1548, rientra nel quadro dei beni medicei dipendenti dalla fattoria al tempo di Cosimo I, comprendente anche sei poderi con relative case da lavoratore, due fornaci, una casa al Porto di Stabbia, sette "prese di terra lavorativa", "il palazzo murato di nuovo a Cerreto", oltre ad un numero imprecisato di molini ed al bacino lacustre di Fucecchio fino alla Valdinievole. L'intera proprietà risulta passata per via ereditaria nel 1606 al nipote "naturale" di Cosimo I, Don Lorenzo, che mostrò nei confronti del patrimonio ricevuto capacità amministrative volte soprattutto alla bonifica delle aree limitrofe al lago. Scarse invece risultano le cure rivolte dallo stesso al palazzo il cui restauro non avverrà prima del 1630. Con la formazione delle altre sei fattorie granducali in Valdinievole, Stabbia perse gradualmente il ruolo di centro amministrativo del bacino. Successivamente è documentato che la proprietà era formata da soli sette poderi, gli stessi che comporranno la fattoria ancora nel 1740, quando verrà ceduta in affitto a Costantino Pacchi. Con il processo di appoderamento avviato anche dalle altre fattorie della valle, si ebbe un notevole incremento del numero dei poderi di Stabbia che nel 1777 avevano raggiunto le 14 unità.
Nel 1781 la fattoria, con una parte dei poderi, viene concessa "a livello" a Pietro Palandri alla cui amministrazione si deve la trasformazione dell'ala sud del fabbricato in chiesa con annessa canonica e in fabbricato ad uso residenziale, alterando in modo sostanziale il cinquecentesco corpo di fabbrica. In assenza della successione per linea maschile, la villa-fattoria passerà alla famiglia del marchese Migliorati, marito della figlia di Pietro, Costanza Palandri. Nel 1972 il complesso fu acquistato dal Conte Adinolfo Lucchesi Palli, residente in Austria e già proprietario delle vicina fattoria di Collefiorito. La vecchia villa Medici, con 17 ettari di bosco in località Poggioni e un lago, intorno agli anni Ottanta ritorna per vendita ai precedenti proprietari Marchesi Migliorati.