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L'antichissima chiesa di Santa Maria Assunta, sede dell'attuale parrocchia di Bassa, si trova citata nei testi storici come già esistente nell'anno 998 con il titolo di Santa Maria de' Conflenti o Gonfienti, denominazione quasi certamente riferita alla sua ubicazione fronteggiante la confluenza dell'Elsa nell'Arno. Successivamente, come "Ecclesia Sante Marie de Conflenti" sotto la giurisdizione del piviere di Cerreto Guidi, si ritrova elencata nel registro delle chiese della diocesi di Lucca redatto nel 1260 e, con la stessa intitolazione, nelle Decime degli anni 1302-1303.
La stessa chiesa è nominata anche nelle Bolle spedite da Innocenzo III (1198) e da Onorio III (1217) agli abati Vallombrosani di Fucecchio ai quali fu accordata in patronato fino all'anno 1257, quando tutti i suoi diritti e pertinenze furono trasferiti al Monastero delle Monache Clarisse di Gattaiola, presso Lucca. La giurisdizione episcopale sopra Fucecchio e sopra la chiesa di Santa Maria a Gonfienti venne esercitata dalla Badessa dello stesso Monastero fino all'anno 1622, quando fu creata la nuova Diocesi di San Miniato.
Bassa ebbe un consistente sviluppo nei primi decenni del XVII sec. tanto che il rettore della chiesa di Santa Maria a Gonfienti richiese ed ottenne che, essendo frequentata da un maggior numero di fedeli, fosse fatta ascendere a prioria, con annessa la Compagnia del Santissimo Rosario. La chiesa, d'impianto sette-ottocenstesco, originata probabilmente dall'ampliamento di una preesistente più piccola, si presenta oggi come risultato di varie ricostruzioni effettuate in seguito ai danni causati dalle ripetute esondazioni dell'Arno, come ne fa memoria una iscrizione a sinistra dell'ingresso, che ricorda la consacrazione della stessa, imposta dal Vescovo di San Miniato Mons. Pierazzi il 20 novembre 1842
Fu consacrata di nuovo da Mons. Del Corona la prima domenica di ottobre del 1877, dopo restauri divenuti forse necessari in seguito alla disastrosa alluvione del 1872. Con gli ultimi recentissimi restauri del 1999 sono state tolte le balaustre laterali e l'altare maggiore è stato sostituito con un corrispondente in pietra. A sinistra dell'altare maggiore si osserva l'Altare della Madonna del Rosario, mentre a destra è degno di attenzione un ciborio di terracotta invetriata, a forma di tabernacolo, ad alto e basso rilievo di scuola robbiana.